کلسیم در آوندهای آبکش گیاهان تحرکی ندارند و چون نقش مهمی در رشد بافت مریستمی دارد، علایم کمبود کلسیم همیشه در بافت‌های جوان‌تر گیاه ظاهر می شود، ریشه‌های گیاه عمومأ اولین بافت هایی هستند که کمبود کلسیم را نشان می دهند. مانند کمبود بُر، ریشه‌های اصلی با ایجاد فرعی زیاد و ناقص و کوتاه باقی می مانند. برگ‌های گندم در اثر کمبود کلسیم زرد نمی شوند، به ویژه اینکه برگ‌های پیر رنگ سبز تیره خود را حفظ می کنند.
اولین نشانه مشخص کمبود کلسیم تشکیل لکه های سوختگی در حدود وسط برگ جوان‌ترین قسمت گیاه است. این قسمت به سرعت گسترش یافته و برگ بدون پیچش از وسط می شکند. کمبود شدید مس نیز می‌تواند مشابه این علایم را در برگ های جوان‌تر ایجاد نماید، ولی در کمبود مس برخلاف کمبود کلسیم علایم سوختگی نوک برگ‌ها علاوه بر برگ‌های جوان در برگ‌های پیر هم وجود دارد به علاوه در کمبود کلسیم قسمت بالای وسط برگ همچنان سبز باقی می‌ماند، در حالی که در کمبود مس قسمت بالای وسط برگ خشک شده و سریعا نکروزه می‌شود. سرسبزی عمومی گیاه و حالت راست و ایستاده گیاهان مبتلا به کمبود کلسیم یکی دیگر از علائمی است که آن را از کمبود مس که در آن گیاهان رنگ پریده و پژمرده به نظر می‌رسند متمایز می‌سازد. کمبود کلسیم در مزرعه گندم بسیار غیرمعمول است و محققین نیز آن را مشاهده نکرده‌اند.
