اولین نشانه ظاهری کمبود مس در گندم پژمردگی گیاه (بوته) است که در مرحله اوایل پنجه‌زنی – حتی اگر رطوبت خاک در حد ظرفیت مزرعه باشد – پیش می آید. اگر کمبود شدید باشد، تاثیر آن روی میزان رشد پنجه ها تعیین کننده است. اگرچه کاهش اولیه رشد پنجه ها مانند سایر کمبودها مشاهده میشود، ولی ممکن است در گیاهان مبتلا به کمبود شدید مس، میزان پنجه زنی افزایش یابد. گیاهان مذکور در اثر کمبود مس رنگ روشنتری نیز دارند. این علائم معمولاً فقط زمانی قابل توجه هستند که با گیاهانی که مس کافی دریافت کرده اند مقایسه شوند.
سوختگی نوک برگهای جوان اولین نشانه مشخص کمبود مس است. این حالت به طور ناگهانی باعث خشک شدن و پیچ خوردگی انتهای پهنک برگ شده و در مواقعی تا نصف طول برگ را فرا میگیرد، ولی قسمت پایین برگ تا زمان پیری آن به رنگ سبز باقی میماند.
در اثر کمبود شدید مس مانند کمبود کلسیم، جوانه های انتهایی قبل از باز شدن برگها خشک میشوند و تعداد اندکی خوشه تشکیل میشود. در کمبود مس با شدت کمتر ممکن است خوشه ها ظاهر شوند، ولی دانه ها در سنبلچه ها انتهایی خوشه تشکیل نمیشوند. این خوشه ها ظاهری به شکل “دم موش” پیدا میکنند که در قسمت پایین خوشه دانه‌ها کامل، ولی در وسط آن دانه‌ها چروکیده و در انتها، خوشه بدون دانه و خشکیده میشود. در مواقعی ظاهر دم موشی تشخیص را از خسارت ناشی از انجماد، دچار مشکل می‌سازد. در کمبود متوسط مس ممکن است به خاطر تولید دانه‌های چروکیده و ساقه و خوشه خمیده، عملکرد دانه کاهش یابد. مس برای تشکیل لیگنین دیواره‌های سلولی ضروری است و از این رو کمبود آن باعث کاهش استحکام ساقه میشود.
کمبود مس همراه با بعضی از عوامل دیگر می‌تواند عامل اصلی تشکیل رنگدانه ملانین در ایجاد رنگ بنفش در ساقه، گره‌ها، و حتی پوشینه‌های سنبلچه‌های بعضی از گیاهان باشد. علایم کمبود مس در مزرعه ممکن است زیاد متنوع باشد. این علایم در مرحله رشد رویشی از رنگ پریدگی و پژمردگی برگها تا نوک سوختگی آنها متفاوت است. در اکثر موارد اثرات کمبود تا مرحله خوشه‌دهی یا حتی بعد از آن با توجه به تغییر رنگ طبیعی بوته به هنگام برداشت و بعد از برداشت مشاهده نمی‌گردد. وقتی مقدار مس به طور طبیعی پائین باشد، کمبود مس در کل مزرعه به طور یکنواخت اثر می‌گذارد، ولی ممکن است به صورت پراکنده نیز در سطح مزرعه ظاهر شود.
